La misma prensa que relataba la confirmación de Manolo Arruza en Madrid, también daba a conocer que la noche de ese día 20 de mayo de hace 50 años, falleció don Rodolfo Gaona Jiménez a la edad de 87 años, en la Ciudad de México. Apenas el 12 de abril se había conmemorado el cincuentenario de su triunfal despedida de los ruedos, pero desde el día 15 de mayo, "El Califa de León" había dado muestras de deterioro en su salud y fue ingresado en el Sanatorio Español para ser atendido.

Sus hijos Rodolfo y Enrique comentaron en su día a los medios de comunicación que Gaona comenzó a dar muestras de agotamiento físico, pero sin que hubiera un diagnóstico de alguna enfermedad, porque siempre fue un hombre saludable, por lo que consideraron, junto con los médicos que lo atendieron en este último trance, que su muerte se debió a causas naturales.

Sus funerales se llevaron a cabo al día siguiente y fue sepultado en el Panteón de Dolores, con la compañía de su familia y de varios toreros retirados como Jesús Solórzano, Luis Castro "El Soldado", Heriberto García, David Liceaga, Andrés Blando, Alfonso Ramírez "Calesero", Joselito Huerta, Manuel Gutiérrez "Espartero" y Joaquín Rodríguez "Cagancho", entre otros, además de una gran cantidad de aficionados que se dieron cita.

El corresponsal del semanario madrileño "El Ruedo", Ricardo Colín, en un breve reportaje sobre el sepelio del "Califa de León", entre otras cosas, dejó escrito: "La oración fúnebre, bella e inspirada, la pronunció el periodista Roque Armando Sosa Ferreiro, gaonista de la vieja guardia. Entre otras cosas dijo:

"Rodolfo Gaona es un símbolo insustituible de la torería mejicana. En él se fundieron las virtudes de nuestros ancestros, indios y españoles. Mestizo medular, mejicanismo en su carne, en su sangre y en su espíritu, fue siempre indio y español, con acendrada y fervorosa devoción a Méjico y España".

Y terminó diciendo: "Ayer las campanas de León tocaban a gloria por los éxitos del torero. Hoy, las campanas de México doblan a duelo para decir adiós al grande hombre, que nos deja un recuerdo inolvidable: sus triunfos en los ruedos y la lección ejemplar de su existencia".

Un par de años antes, a Rodolfo Gaona se le había dedicado una calle de la Ciudad de México en la actual Alcaldía Miguel Hidalgo, evento al que asistió, porque, como señalaban sus hijos, poco salía de su finca "El Renacimiento", localizada en Azcapotzalco.